Vücudun doğal açıklıklarından girerek iç organların iç yüzeylerinin gözlemlenmesine endoskopi denilir. Günümüzde hem tanı hem de tedavi amacıyla kullanılmaktadır. Ağızdan girerek yemek borusu (özofagus), mide ve on iki parmak barsağının (duodenumun) incelenmesine üst gastrointestinal endoskopi (gastroskopi) denilir.
Anüsten (makattan) girilerek kalın barsağın son bölümünden (rektum) başlayarak tümünün incelenmesine alt gastrointestinal endoskopi (kolonoskopi) denilir.
